Los inspectores del Banco de España trasladaron a la Consejería de Economía del gobierno andaluz la investigación de una serie de irregularidades que detectaron tras un examen a la caja malagueña en marzo de 2007. Las anomalías deberían haber significado el ceso de Medel como presidente de Unicaja, según la Ley de Cajas de Andalucía. En 2009, tras otra nueva inspección, los inspectores denuncian que no se han tomado medidas y se siguen repitiendo las mismas irregularidades.