Cruz residía en la localidad murciana junto a su pareja, Carmen Moreno, en la urbanización Marinesco, situada en el término municipal de San Javier. A pesar de llevar varios años juntos, la pareja contrajo matrimonio en 2014. Fruto de ese amor nació la pequeña Salma a principios de 2012. Ambos regentaban una peluquería y centro de belleza muy cerca del Puerto Tomás Maestre.
Según ha publicado el medio La Verdad, una unidad del 061 se trasladó a la vivienda de Eduardo Cruz sobre las 2.30 de la madrugada para atenderlo, aunque no pudieron hacer nada por salvar su vida. Las mismas fuentes consultadas por el citado medio han indicado que Cruz sufría problemas de corazón por los que tuvo que ser asistido en el Hospital Santa Lucía de Cartagena en junio de 2012. Durante ese ingreso se pudo ver a la actriz junto a su marido, Javier Bardem, visitar a su padre.
Como se ha publicado en varios medios, Eduardo Cruz y su ex mujer, Encarna Sánchez, llevaban separados más de 15 años pero no fue hasta hace unos 5 años cuando decidieron divorciarse. De su matrimonio quedan sus tres hijos, la oscarizada Penélope Cruz, la también actriz Mónica Cruz y el cantante Eduardo Cruz.
