La primera denuncia contra Acuamed fue interpuesta por Francisco Valiente González, director de Ingeniería y Construcción de la compañía entre marzo de 2013 y abril de 2014, quien describió la existencia de numerosas y graves irregularidades en los procesos de contratación, de ejecución y liquidación de diversas obras por parte de altos cargos de la empresa. El denunciante aseguró al juez Velasco que comenzó a sospechar de los contratos fraudulentos en esta empresa pública ligada al Ministerio de Agricultura y Medio Ambiente cuando le hablaron de la falta de seguro de la desaladora de Almazora en Almería, que se inundó en septiembre de 2012.
La existencia de dichas irregularidades fue corroborada posteriormente por la ingeniera Gracia Ballesteros Fernández, quien en la época de los hechos fue subdirectora de Construcción de la Cuenca Interior de Cataluña y del Júcar, y posteriormente Gerente Territorial hasta en junio y julio de 2014 se le destituyó de ambos cargos hasta su despido. Un juzgado de lo Social declaró nulo el mismo y condenó a Acuamed a su readmisión y al pago de una indemnización de 90.000 euros.
Un tercer denunciante es la también ingeniera Raquel Azahara Peralta Bravo, quien desveló ante la Fiscalía Anticorrupción las irregularidades que se estaban cometiendo en las obras contratadas para la eliminación de la contaminación química del embalse de Flix, en las que había ejercido como directora de obra hasta su despido a finales de julio de 2015. Según su testimonio, dicho despido obedeció a una represalia por sus continuas y firmes negativas a las presiones ejercidas por Gabriela Mañueco, la sustituta de Francisco Valiente al frente de la dirección de Ingeniería y Construcción de Acuamed, de llegar a acuerdos económicos con el contratista de la obra. El juicio por su despido está señalado para enero de 2017.
Fechas después a que denunciara Raquel Azahara lo hizo también Eduardo Yaglián Steiner vicepresidente de la Fundación Prodti, en relación con un convenio firmado entre la misma y Acuamed para desarrollar un anteproyecto de la planta desaladora Balsa del Sapo, en Almería. Steiner manifestó que se alteraron los presupuestos, en concreto la partida de impacto ambiental, que se incrementó para beneficiar a la empresa que se iba a hacer cargo del mismo. El denunciante se negó al amaño y como castigo Acuamed no le abonó la totalidad del precio del contrato.
El último denunciante es Mariano de Andrés Rodríguez Tellez, trabajador de la empresa Getinsa Ingeniería S.L., encargada del seguimiento y control como asistencia técnica a la dirección de obra para la eliminación de la contaminación química del embalse de Flix, quien puso de manifiesto las irregularidades en torno a dichas obras.
Acuamed, acrónimo de Aguas de las Cuencas Mediterráneas S.A. es una sociedad estatal dependiente del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, encargada del desarrollo del programa de actuaciones en las cuencas mediterráneas. Su consejo de administración está integrado por diversos cargos públicos que pertenecen, en su mayoría, a los ministerios de Agricultura y de Hacienda, siendo su presidente el secretario de Estado de Medio Ambiente y su vicepresidente la directora general de Aguas.
