La retirada de Irak provocó un distanciamiento en las relaciones entre España y Estados Unidos, que tardaron años en normalizarse, mientras que la decisión sobre el escudo antimisiles y la presencia de la Armada estadounidense en Rota sitúa a España como aliado clave de EEUU en Europa.
A lo largo de sus casi ocho años de mandato, España se ha retirado de Kosovo, ha finalizado su misión en Bosnia tras 18 años ininterrumpidos, ha multiplicado su presencia en Afganistán, mantiene su presencia de la misión de cascos azules en El Líbano, participa en la operación en Libia y es uno de los países que lidera la operación Atalanta de la UE contra la piratería en aguas de Somalia.
Al llegar a La Moncloa, acompañado del "no a la guerra", su primera orden fue la salida de las tropas de Irak y ahora, a punto de abandonar la presidencia del Gobierno se despide anunciando que España, en su base naval de Rota, albergará cuatro destructores de la Armada estadounidense, con más de un millar de marines, que formarán parte del sistema antimisiles de la OTAN.
En Afganistán en 2004, el Parlamento respaldó la decisión del Gobierno de incrementar temporalmente las tropas españolas hasta un máximo de 1.040 efectivos y otros 200 soldados para Haití.
Actualmente, España participa en la misión ISAF con unos 1.500 militares.
En el Líbano, en la misión de Cascos Azules, liderada por el general español Alberto Asarta, España aporta de 1.100 efectivos.
El primer contingente español desembarcó en las playas libanesas el 15 de septiembre de 2006.
Desde entonces, las Fuerzas Armadas españolas cuentan con unidades en el sector Este y su base está situada en la localidad de Marjayum.
En Libia, el Gobierno de Rodríguez Zapatero deja activa una misión de Naciones Unidas, liderada por la OTAN, en la que España aporta para el embargo de armas una fragata, un submarino, un avión de Vigilancia Marítima.
Para las operaciones de zona de exclusión aérea ha desplegado cuatro aviones de caza F-18 y un avión de reabastecimiento en vuelo B-707.
En total hay movilizados unos 500 militares.
En Somalia, España impulsó en el seno de la UE, la operación "Atalanta" de lucha contra la piratería.
El Consejo de Ministros ordenó la misión mediante Acuerdo de 23 de enero de 2009, según el cual España contribuiría con un contingente máximo integrado por una fragata, un avión de patrulla marítima y un buque de aprovisionamiento logístico y hasta 395 efectivos.
Para autorizar su participación, la ministra de Defensa compareció el día 21 de enero de 2009, ante el Pleno del Congreso de los Diputados.
En Bosnia, España inició una reducción escalonada a lo largo de 2010 y una vez replegado todo el contingente se puso punto final a la participación de Unidades españolas en la operación Althea de la Unión Europea.
Actualmente, España aporta 20 efectivos a EUFOR Althea distribuidos entre el equipo móvil de adiestramiento, con sede en Travnik, y diversos puestos en los cuarteles generales de EUFOR y de la OTAN.
Durante el mandato de Zapatero España también puso punto y final a su participación en la misión de Kosovo.
Carme Chacón anunció en la base española en Istok, el 19 de marzo de 2009, la retirada de las tropas de esta región en la que España inició su participación diez años atrás.
Esta decisión provocó algunas diferencias con la OTAN y EEUU, que finalmente quedaron aclaradas.
