El 17 de enero de 1966 dos aviones estadounidenses B52 realizaban operaciones de recarga de combustible en pleno vuelo y chocaron accidentalmente y, como resultado, cuatro bombas termonucleares de las Fuerzas Armadas estadounidenses cayeron en el sur de España, en Palomares (Almería). Las bombas, 75 veces más destructivas que las de Hiroshima no provocaron una explosión nuclear, ya que una de ellas no explotó y se recuperó, otra que cayó al mar provocó una operación masiva de búsqueda y las otras dos se rompieron y contaminaron la zona, en un contexto de Guerra Fría, en el que según Rafael Moreno, un autor de un libro sobre esta cuestión, España jugó un papel importante en la vigilancia de Estados Unidos a la Unión Soviética y que el jefe del Estado Francisco Franco era consciente de que podía ser objetivo de ataque nuclear por parte de los rusos.
Este escenario, que dio lugar a una famosa fotografía de la época en la que el entonces ministro de Turismo Manuel Fraga se bañaba en la playa cercana a esta pedanía almeriense, ha sido un punto en la agenda bilateral de ambos países en este medio siglo, aunque hasta 2004 las negociaciones para dar una solución a la contaminación de la zona no comenzaron a avanzar con pasos firmes. El Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT), heredero de la entonces Junta de Energía Nuclear, caracterizó la contaminación de la zona y determinó que medio kilo de plutonio afectaba a una extensión de 40 hectáreas. En 2004, el entonces director del CIEMAT Juan Antonio Rubio "agilizó" las investigaciones.
El objetivo de España es que Estados Unidos se lleve la tierra contaminada con plutonio para su almacenamiento, ya que nuestro país no cuenta con ningún sistema seguro
El Gobierno adquirió los terrenos cuando comenzaron a moverse tierras afectadas por intereses agrícolas o urbanísticos. Entonces, comenzaron a vallar los terrenos, una tarea que no concluyó hasta 2010, según asegura Ecologistas en Acción. La directora de Medio Ambiente del CIEMAT, Yolanda Benito, ha asegurado a Europa Press que la cuestión "siempre" ha sido importante para la institución, que ha dedicado "muchos recursos" humanos y económicos a lograr una "solución final" y cree que en los últimos años se han dado pasos muy importantes para conseguirlo. Entre esos pasos del Gobierno español y de las ONG ambientales nunca ha dejado de figurar el objetivo de que Estados Unidos se lleve a su país para su almacenamiento seguro la tierra contaminada con plutonio, puesto que España no cuenta de ningún sistema para confinar de forma segura estos residuos.
Los avances bilaterales se dieron entre la exministra de Exteriores Trinidad Jiménez y la secretaria de Estado de EEUU Hillary Clinton, que en una reunión en Washington en enero de 2011 hablaron del asunto, aunque la representante española no arrancó un compromiso norteamericano para hacerse cargo de los residuos aunque sí se acordó enviar una delegación técnica a España para conocer el proyecto de limpieza del CIEMAT (Proyecto Indalo) y visitar los terrenos afectados. En febrero de 2011 una delegación estadounidense visitó Palomares y dio el visto bueno al plan de Investigación Medioambiental de vigilancia radiológica encargado en 2006 al CIEMAT por ambos países. Pese a los años transcurridos, Benito ha afirmado que no ha habido inacción por parte de ninguno de los dos países porque el problema "nunca se ha dejado morir", al tiempo que ha asegurado que no ha existido riesgo de contaminación radiológica de la población.
John Kerry firmó en 2015 un Memorandum que supone más una propuesta de intenciones que un compromiso real de llevarse finalmente los residuos
En 2012, el nuevo ministro de Exteriores, José Manuel García Margallo, declaró que tenía "garantías" de que Estados Unidos se comprometerá a llevarse la tierra contaminada a su país, y de acuerdo con un documento del Departamento de Energía norteamericano de septiembre de 2015, el lugar para ello podría ser el desierto de Nevada. De acuerdo con esto, este Sitio de Seguridad Nacional de Nevada está "considerando" una evaluación ambiental sobre la cobertura para su almacenaje y posterior transporte de los residuos de baja intensidad de Palomares, hasta el almacén de residuos de Nevada. Sin embargo, el departamento estadounidense señala que esta propuesta está aún en una "etapa temprana de consideración" y que no se ha tomado aún una determinación formal. Según la planificación estadounidense, el proyecto de traslado y almacenaje oscilaría entre 12 y 24 meses.
A mediados del mes de octubre de 2015, el secretario de Estado estadounidense John Kerry viajó a Madrid y finalmente se firmó un Memorandum de entendimiento que supone más una propuesta de intenciones que un compromiso real por parte norteamericana de llevarse finalmente los residuos. El documento tiene un carácter voluntario y cualquiera de las partes puede desdecirse sin consecuencias, por lo que las ONG han valorado el gesto como un "avance positivo" pero advierten de que en cualquier momento puede ser "papel mojado". En tanto, las ONG, principalmente Ecologistas en Acción y Greenpeace, no han dejado de reclamar una solución para la zona, que pase por la retirada de estos residuos de plutonio y la limpieza y rehabilitación de Palomares.
De este modo, Ecologistas en Acción presentó una denuncia por vía penal en la que denunciaba tanto al Consejo de Seguridad Nuclear (CSN), el CIEMAT como a representantes de los distintos gobiernos de España por inacción en esta cuestión y permitir que la radiactividad haya permanecido en un "cementerio al aire libre y con fácil acceso". Esta misma semana se ha conocido que la Fiscalía General del Estado ha archivado la investigación al no ver indicios de inacción en la Administración.
